Gran cuestión, aunque adulterada desde su propia formulación. No podemos hablar de permitir, sino de impedir.
Si yo estoy asistiendo a -o impartiendo- una clase y necesito ir al baño, voy. No hay nada por lo que solicitar permiso -como mucho, informar, si tal cosa procede- a la hora de cubrir esa necesidad.
Descartemos, pues, el uso del verbo permitir. Lo que está sucediendo en algunos centros es que el docente impide que el alumno vaya al baño. Lo veríamos absurdo -no solamente absurdo, sino cosas peores- si hablamos de adultos que necesitan ir, ¿verdad?
Pues si lo vemos absurdo en adultos, qué decir de niños o chavales.
Desde luego, no soy ajeno a dificultades que esto pueda ocasionar, y que deben ser resueltas, pero no impidiendo ir al baño.